Où se trouvent les centres d’expertise en matière de surveillance et d’analyse des eaux usées au Canada? Quelles méthodes et approches éprouvées sont mises en œuvre? Qui est-ce qui applique ces résultats en vue de guider les mesures à prendre en matière de santé publique?

Selon l’analyse documentaire Wastewater surveillance for population-wide Covid-19: The present and future (La surveillance des eaux usées en vue de détecter la COVID‑19 dans l’ensemble de la population: Au présent et à l’avenir), la détection du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées permet de déduire la prévalence de la COVID-19, et de détecter les premiers signes d’une transmission accrue au niveau des communautés. D’après le guide sur la surveillance des eaux usées des Centers for Disease Control and Prevention (CDC), les données provenant des analyses d’eaux usées peuvent compléter et améliorer les systèmes de surveillance existants en vue de dépister la COVID-19, en fournissant des données provenant de communautés où les analyses cliniques de la COVID‑19 sont limitées. La surveillance des eaux usées dans le cadre de la synthèse des données de la COVID‑19 a permis de constater que des pays tels que l’Australie, l’Espagne, l’Italie, les Pays-Bas, la Chine, les États-Unis d’Amérique, l’Allemagne, le Japon, l’Inde, la République tchèque, le Brésil et l’Équateur ont détecté le SRAS-CoV-2 dans des échantillons d’eaux usées. Le gouvernement australien a mis en place un système selon lequel, dès qu’une épidémie de la COVID‑19 est détectée dans les eaux usées d’une région, la population doit en informer les responsables de la santé publique afin que ces derniers effectuent des tests par écouvillonnage nasal. D’après le résumé des résultats de l’examen rapide What is known about using wastewater surveillance to monitor the COVID‑19 pandemic in the community ? (Que sait-on de l’utilisation de la surveillance des eaux usées pour surveiller la pandémie COVID‑19 dans la communauté ?), bien qu’une surveillance basée sur les eaux usées soit possible, aucune directive ne fait état de l’efficacité de cette méthode pour la surveillance continue ni pour guider les décisions concernant la levée ou l’imposition de restrictions de confinement. Actuellement, aucun ensemble de meilleures pratiques n’a été identifié pour la surveillance des eaux usées.

Santé publique Ottawa est l’un des premiers services de santé publique en Amérique du Nord à effectuer des relevés quotidiens des eaux usées de 91,6 % de la population d’Ottawa afin de détecter et de mesurer la présence du matériel génétique du SRAS-CoV-2 (acide ribonucléique ou ARN). Cependant, la municipalité a noté que les eaux usées consitituent un milieu difficile : l’ARN peut s’y décomposer, entraînant par la suite des lectures plus basses du virus. Dans la première phase de l’étude interlaboratoire : Comparison of Approaches to Quantify SARS-CoV-2 RNA in Wastewater, le Réseau canadien de l’eau a lancé la première phase du projet pilote de validation de principe de la Coalition eaux usées COVID‑19 afin de comprendre la variabilité des laboratoires résultant des différentes techniques de laboratoire, de faciliter les comparaisons de données nationales et internationales et d’informer la santé publique canadienne. Bien qu’un examen rapide effectué en mai 2020 ait indiqué que les variations de méthodologie peuvent contribuer à l’incohérence des résultats et à la qualité des données, et bien que le SRAS-CoV-2 ait été détecté dans des eaux usées non traitées dans le monde entier, l’examen des résultats obtenus par différents laboratoires a révélé que les différentes approches donnaient généralement des résultats comparables, avec la réserve suivante : des protocoles d’assurance de la qualité suffisants doivent être mis en place et faire l’objet de rapports suffisamment détaillés. Le Réseau canadien de l’eau présente les recommandations suivantes afin de caractériser la variabilité des résultats attendus en utilisant différentes méthodes déployées partout au Canada : 1) se concentrer sur la manière dont les courbes standard de quantification sont générées ; 2) traiter l’inhibition ; 3) les contrôles de procédés ; et 4) utiliser des biomarqueurs fécaux pour aider à normaliser les résultats.

Selon Sewage analysis as a tool for the COVID‑19 pandemic resource and management : the urgent need for optimised protocols for SARS-CoV-2 detection and quantification (L’analyse des eaux usées comme outil de réponse et de gestion de la pandémie de COVID‑19 : le besoin urgent de protocoles optimisés pour la détection et la quantification du SRAS CoV-2) il faut développer un protocole méthodologique afin de détecter et de quantifier l’ARN de COVID‑19 dans les eaux usées. Deux études montrent que des traces génétiques du SRAS CoV-2 peuvent être détectées dans différentes eaux usées brutes. L’analyse quantitative de l’ARN du SRAS CoV-2 à partir de solides d’aux usées dans des communautés avec une faible incidence et prévalence de la COVID‑19 à Ottawa et Gatineau, Canada, a montré que les boues clarifiées primaires, comparées aux solides collectés à partir de boues post-granulation, montraient une fréquence plus élevée de SRRAS CoV-2, surtout lorsque l’incidence de la COVID‑19 est faible dans la communauté. Les auteurs recommandent d’utiliser le traitement primaire des boues clarifiées comme outil efficace, en vue surveiller les tendances pendant la diminution et la faible incidence de l’infection par le SRAS CoV-2 dans les collectivités.

L’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) fournit des analyses de laboratoire, des rapports de résultats et un soutien logistique pour la détection et la surveillance du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées de cinq centres à forte population (Vancouver, Edmonton, Toronto, Montréal, Halifax ; représentant 22 % de la population canadienne). Les résultats des tests seront communiqués aux autorités responsables des eaux usées, qui en feront part à leur service local de santé publique. Ces données sont utilisées non seulement pour informer la santé publique locale, mais aussi pour aider à développer des structures de données et des modèles pouvant être utilisés dans tout le pays. Les principaux collaborateurs sont notamment Statistique Canada, Environnement et changement climatique Canada et les homologues FPT en matière de santé publique.

Pour compléter les recommandations relatives à la surveillance des eaux usées, les CDC publient des lignes directrices sur les stratégies d’échantillonnage, les méthodes d’essai, l’interprétation en matière de santé publique et l’utilisation de la détection de l’ARN viral de la COVID‑19 dans les eaux usées.

Le ministère de la santé et des services sociaux de l’État de Victoria, en Australie, a publié des informations sur les analyses des eaux usées afin de donner une alerte précoce pour la COVID‑19 en déterminant si le SRAS-CoV-2 est présent dans la communauté locale. L’excrétion virale peut provenir de différentes sources telles que les tissus usagés, les mains et la peau, ou les selles. Pour de plus amples informations sur les tests de dépistage des eaux usées, cliquez ici. Le Réseau canadien de l’eau réunit des experts canadiens pour informer et guider la surveillance des eaux usées dans le cadre du SRAS-CoV-2. Pour de plus amples informations sur ce réseau, cliquez ici.

CanCOVID diffuse une série de conférences données par le professeur Frigon, de l’Université McGill, qui évoque la recherche sur les systèmes d’assainissement. Il a développé des outils de métagénomique pour la surveillance de la résistance aux antimicrobiens dans les eaux usées municipales. Regardez la série ici.